वाहतूक कोंडी व प्रदूषण टाळण्यासाठी जिल्ह्यातील पाच महापालिकांना जोडणाऱ्या जलवाहतुकीच्या प्रस्तावाला केंद्र सरकारने चार वर्षांपूर्वीच मान्यता दिली आहे. तसेच या प्रकल्पासाठी १०० टक्के निधी उपलब्ध करून देण्याचे आश्वासन दिले होते. मात्र दोन वर्षांपूर्वी राज्यात शिवसेना राष्ट्रवादी आणि काँग्रेस या तीन पक्षांचे महाविकास आघाडीचे सरकार सत्तेवर येताच केंद्राने अचानक युटर्न घेतला आणि जलवाहतूक प्रकल्पाला निधी देण्यास नकार दिला. त्यामुळे या महत्वाच्या प्रकल्पाचे भवितव्य अधांतरी सापडले होते. मात्र आता शिवसेनेचा शिंदे गट आणि भाजप आणि युतीचे सरकार राज्यात सत्तेवर आले असल्याने जलवाहतुकीलाही लवकरच चालना मिळू शकते अशी चर्चा राजकीय वर्तुळात सुरु झाली आहे.
ठाणे महानगरपालिकेने तयार केलेल्या अंतर्गत जलवाहतूक प्रकल्पाच्या ठाणे - वसई -कल्याण डिपीआर ला ६४५ कोटीची मान्यता मिळाली असून त्याचे नियोजनाचे काम दोन वर्षांपासून सुरू केले होते. पहिल्या टप्प्यातील सुरू झालेल्या वसई ते ठाणे -कल्याण जलमार्ग क्रमांक ५३ या ५० किलोमीटरच्या मार्गावर एका ठिकाणी मल्टी मोडल हब व विविध ठिकाणी दहा जेटी, मिराभाईंदर, कोलशेत, काल्हेर आणि डोंबिवली या ४ जेटीची कामे, या कामांसाठी ८६ कोटी मंजूर करण्यात आले होते. तसेच ठाणे ते मुंबई व नवी मुंबई हा ९३ किलोमीटरचा मार्गवरही १८ जेटीची व अनुषंगिक कामे सुरू होणार होती. या प्रकल्पांचे प्रस्ताव पर्यावरण विभागाच्या मान्यतेसाठी पाठवण्यात आले होते. या प्रस्तावानुसार १३ भागात खाडीचे सुशोभिकरण आणि लगतच्या परिसराचा विकास,आणि जलवाहतुकीसाठी जेटीज, शॉलो वॉटरपार्कचे नियोजन, खाडीलगतच्या विविध प्रकल्पांची अंमलबजावणी करण्याचा प्रस्ताव तयार करण्यात आला होता. त्यासाठी २१ ऑगस्ट २०१५, २९ जुलै २०१६ आणि ३१ जुलै २०१७ रोजी केन्द्रीय मंत्री नितीन गडकरी यांच्या दिल्लीतील कार्यालयात बैठका झाल्या होत्या. महाराष्ट्रातील जल मार्ग विकास प्रकल्पांना केंद्र शासन व राज्य शासनाच्या संयुक्त विद्यमाने निधी उपलब्ध होणार होता.
केंद्र शासनामार्फत महाराष्ट्रासाठी केंद्रीय निधी राखून ठेवला असून महाराष्ट्रातील या जलमार्गावर जून २०२१ पूर्वी सर्व सुविधांसह फेरीबोट सुरू होणार असे आश्वासन तत्कालीन केंद्रीय जल बांधणी राज्यमंत्री मनसुख मांडवीय यानी तेव्हाच दिले होते. मात्र महाविकास आघाडीचे सरकार सत्तेवर आल्यानंतर या प्रकल्पाला जास्तीत जास्त १०० कोटी देण्यात येतील उर्वरित खर्च राज्यसरकारने अथवा अन्य योजनेतून करावा असे निर्देश मांडवीय यांनीच दिले असल्याने प्रकल्प अडचणीत आला होता.